2006年以衛生單位做為後盾，於聯合醫院昆明院區成立「臺北市物質濫用危害防制中心」，次年更名為臺北市政府毒品危害防制中心。
由衛生局疾病管制處綜合規劃防制業務，本院區結合醫療、警政、社政、勞工、教育等專業，負責進行出監所毒品個案的管理及追蹤輔導。
2015年柯文哲市長指示毒品及愛滋防治應以一條鞭方式進行，指示成立結合毒品防制及愛滋病防治之專責單位，同年7月1日「昆明防治中心」成立，下設五組一室，包括：衛教企劃組、愛滋病防治組、毒防綜合規劃組、毒防轉介服務暨保護扶助組、結核病防治組及病原實驗室，統籌規劃本市愛滋防治及毒品危害防制之防疫減毒工作